Setahun pasca kemerdekaan Indonesia, Kiai Masduqi wafat setelah berwudhu untuk melaksanakan shalat Dhuhur. Sepeninggal Kiai Mashduqi, lembaga pendidikan ini diteruskan oleh putranya yang bernama KH. Syuja’i Mashduqi. Di bawah asuhan KH. Syuja’i Masduqi, pesantren Assalafiyyah terus berkembang maju dan konsisten mengajarkan kitab kuning untuk memperkaya wawasan para santri dalam mendalami khazanah kebudayaan Islam. Dengan wawasan yang luas atas khazanah keilmuan Islam, maka seorang santri diharapkan mampu bersikap lebih terbuka, tidak kaku dalam berdakwah di tengah masyarakat, dan mampu menjawab tantangan-tantangan perkembangan zaman.
Seiring dengan perkembangan zaman dan kebutuhan masyarakat terhadap konsep pendidikan yang terpadu, maka Pesantren Assalafiyah mendirikan pendidikan formal Madrasah Tsanawiyah (MTs) pada 10 Agustus 2012 dan Madrasah Aliyah pada 28 Maret 2013 di bawah kepemimpinan K. Irwan Masduqi, Lc. Hum. Atas dukungan dan kerjasama keluarga ndalem, yakni KH. Chasan Abdullah, KH. Noor Hamid dan KH. Zar’anuddin, MTs dan MA Assalafiyyah berkembang sangat pesat. Pada tahun 2017, Pesantren Assalafiyyah merintis SMK Jurusan Multimedia.
Pada tahun 2019 KH Syuja’i Masduqi wafat kemudian saat ini kepengasuhan pesantren Assalafiyyah dilanjutkan oleh putra-putrinya. Asrama Pesantren Takhasus dan Mahasiswa diasuh oleh KH. Chasan Abdullah. Asrama Pelajar Putra diasuh KH Noor Hamid. Asrama Pelajar Putri diasuh oleh K. Irwan Masduqi, Lc. M. Hum. Asrama Tahfidz Putri Pelajar diasuh oleh KH. Zar’anuddin.